آثار هنری آیدین آغداشلو به وجوه مختلف هنر و فرهنگ ایران می‌پردازد و به نقش زنان در جامعه و جایگاه آنان نیز پرداخته است. آیدین آغداشلو از معدود هنرمندان مرد نسل خود است که به این نقش توجه داشته است.
مجموعه معمای او که الهام گرفته از پُرتره زنان دوره رنسانس ایتالیا است، به خفقان و ستم تاریخی می‌پردازد. چهرهٔ این زنان مخدوش و زخم‌خورده، دهان‌هایشان پوشیده، و هویت‌شان پاک شده است. در ادامه مجموعهٔ خاطرات انهدام، دلمشغولی آقای آغداشلو روشی بود که «جهان در نادانی هر آنچه که زیبا و درست است را نابود می‌کند.» این نکته‌ای بود که جامعه ایران با آن درگیری عاطفی داشت و نقاشی‌های او نه تنها در میان اهالی هنر که نزد عامه مردم از اقبال برخوردار شد.
در کتاب هنرمند، سانسورچی، و برهنه نوشتهٔ محقق آمریکایی گلن هارکورت، که در سال ۲۰۱۷ منتشر شد، آثاری از آیدین آغداشلو – به خاطر ربطش به موضوع سانسور در هنر و فرهنگ ایران – آورده شده است. در یک لت این اثر دولته‌ای از مجموعهٔ معما سر زن پوشیده است. هارکورت می‌نویسد: «صورت [زنِ] نشسته در لت سمت چپ («مورس») با خطوط سرخ و قهوه‌ای و قهوه‌ای مایل به زرد خطخطی شده است، انگار به پاک شدن هویت (حتی تمامی سنت بازنمایی هویت) توسط مرگ یا گذشتِ زمانِ فرهنگی و سیاسی اشاره دارد.»
بسیاری از شاگردان زن آیدین آغداشلو شهادت داده‌اند که آموزشگاهش رخصتی بود برای گریز از فضای خانه، در عین حالی که به آنها مهارت‌های جدیدی می‌آموخت و اعتماد به نفس به آنها می‌بخشید.
در دوران «انقلاب فرهنگی» در دهه شصت شمسی، زمانی که آموزش هنر و فرهنگ توسط دولت وقت در حال «انقلابی شدن» در ایران بود، و نقش زنان در جامعه زیر ذره‌بین بود، آموزشگاه آغداشلو به پناهگاهی بدل شد برای مردان و زنانی که موقعیت یکسان برای یادگیری و گفتگو در مورد تاریخ، نظریه‌ها، و فنون هنر در محیطی امن، همگن، و حرفه‌ای داشتند.