رسانه‌های محافظه‌کار سال‌ها است از آیدین آغداشلو به خاطر سمتی که در دوران پهلوی داشته، و مواضع و آثارش، بدگویی، انتقاد و اتهام‌زنی می‌کنند. در طی سال‌های بعد از انقلاب روزنامهٔ کیهان بارها و آخرین بار در سال ۱۳۹۷ در مقاله‌ای، آقای آغداشلو را «عامل سیا»، و به خاطر دریافت نشان لژیونر هنر و ادب فرانسه «ضدانقلاب» خواند. او همچنین «حامی اسرائیل» نامیده شده است. اتهاماتی که سازمان بسیج و قوه قضاییه ایران نیز به آیدین آغداشلو زده‌اند.
علاوه بر این، دختر او به خاطر کار با «رسانه‌های معاند» در تبعید است و نیز مورد هتاکی قرار گرفته است. روزنامه کیهان او را به خاطر جانبداری از صلح میان فلسطین و اسرائیل، در برنامه سمت‌نو در شبکه فارسی زبان منوتو، که اولین برنامهٔ گفتگوی زنان در رسانه‌های ایرانی بود و او یکی از برگزارکنندگانش، به همکاری با «شبکه صهیونیستی» متهم کرد.
آیدین آغداشلو به دفعات توسط سازمان‌های مختلف امنیتی ایران به خاطر مواضع خودش و دخترش مورد بازجویی قرار گرفته است.
برای اطلاع از عمق خصومت و بی‌اعتمادی دولتی و نهادهای محافظه‌کار نسبت به آیدین آغداشلو، خانم فرناز فصیحی فقط کافی بود دست به جستجوی نام این هنرمند در رسانه‌های رسمی حکومتی می‌زد. امری که به نظر می‌رسد در مقاله جانبدارانه این خبرنگار از قلم افتاده است.